いろいろほげると根本的なところから切り替えれるようですが、ここでは簡単にやっていきたいと思います。
やりかた
デフォルトで作成されている Main.xaml.cs の コンストラクタに以下のような記述をします。
var IsGUIMode = Environment.GetCommandLineArgs().Aggregate((s1, s2) => s1 + s2).Contains("GUI"); if (IsGUIMode) { } else { this.Hide(); Console.WriteLine("Hello World"); }